JAX-WS: удовлетворяет расширенным требованиям QoS, которые обычно встречаются в корпоративных информационных системах. По сравнению с JAX-RS, JAX-WS упрощает поддержку группы протоколов WS- *, которые, помимо прочего, обеспечивают стандарты безопасности и надёжности и взаимодействуют с другими клиентами и серверами, поддерживающими WS- *.

JAX-RS: упрощает написание веб-приложений, которые применяют ограничения подхода REST для создания желаемых свойств в приложении, таких как слабосвязность (проще развивать сервер без нарушений в работе существующих клиентов), масштабируемость (начать с малого и постепенно увеличивать размер) и архитектурная простота (использовать готовые компоненты, такие как прокси или HTTP-маршрутизаторы). Использовать JAX-RS предпочтительнее, так как многим типам клиентов проще использовать RESTful веб-сервисы, оставляя серверной стороне возможностей для развития и масштабирования. Клиенты могут выбрать использование лишь некоторых из аспектов сервиса и объединения её с другими веб-сервисами.